Кроме собственно агрохимических лизиметров в почвоведении широкое распространение получили агрохимические лизиметры-воронки. Особенностью таких лизиметров является то, что они могут устанавливаться в почвенную толщу в соответствии с генетическими горизонтами - тогда их встраивают на границах смены горизонтов, или, если того требуют задачи исследования, на разных глубинах. Их устанавливают, как правило, одновременно, соблюдая расстояние между ними по горизонтали не менее 1 метра, во избежание попадания фильтрационного раствора в соседний лизиметр.
Наиболее известным вариантом являются воронки Эбермайера из оцинкованного железа, диаметром 50 и 25 см и высотой 5 см, которые устанавливали под исследуемый почвенный слой. Для этого выкапывается произвольной формы галерея, и на боковых стенках в нишах на разных уровнях вырезаются ниши и устанавливаются воронки, предварительно заполненные дренажной засыпкой (галькой, промытым песком, битым стеклом и др.). Влага, просочившаяся через почвенную толщу, поступала в воронку, оттуда через специальный водоток поступала в водоприемник, где и осуществлялся сбор фильтрационных вод. Пространство между воронками и внутренними стенками ниши заполняли почвой. Расстояние между отдельными воронками-лизиметрами по горизонтали должно быть не менее 70-100 см, по вертикали - определяется схемой опыта, исследуемыми генетическими горизонтами и глубинами. Галерею армируют бетоном, кирпичом, досками. Лизиметрические воронки, модифицированные в соответствии с современными задачами, применяют в настоящее время, как для проведения длительных экспериментов, так и для модельных опытов по изучению загрязнения почв, выноса питательных элементов из отдельных почвенных горизонтов. Так, используемые гравитационные лизиметры конструкции Джона Дерома на сети мониторинговых площадей Института проблем промышленной экологии Севера Кольского научного центра РАН для исследования загрязнения почв выбросами медно-никелевого комбината «Северникель», разработаны по принципу воронок Эбермайера.
Проводимые эксперименты по влиянию орошения и внесения удобрений на миграцию питательных элементов в почвенном профиле почв Каменной степи с 1980 по 2001 гг. также велись с использованием лизиметров оригинальной конструкции, в основе которых также положены идеи Эбермайера. На основе воронок-лизиметров были разработаны конструкции, предложенные Шиловой, Ткаченко, которые стали носить имя авторов.
Е.И. Шиловой для получения свободного почвенного раствора в целях решения задач генетического характера была предложена конструкция встроенных в почвенную толщу плоских лизиметров. Они представляют собой квадратные противни площадью 40x40 см, изготовленные из оцинкованного железа или пластмассы.