Первые лизиметры в большей степени соответствовали понятию "лизиметр». Лизиметры наших дней - это могут быть различные установки от простых почвенных колонок до сложных инженерно-технических устройств, предназначенных для одновременного определения параметров влаго- и солепереноса, расчетов балансов влаги и химических веществ. Сегодня конструкторские особенности лизиметров определяются поставленной задачей, сочетанием определяемых с его помощью агрохимических, химических и гидрофизических параметров.
Многими исследователями были предложены различные типы лизиметров. Разработкой конструкций лизиметров и их совершенствованием занимались Эбермайер, Б.М. Вельбель, П.Ф. Бараков, В.В. Геммерлинг, Н.А. Качинский, А.А. Роде, Е.И. Шилова, И.С. Кауричев и другие.
Каждый лизиметр, независимо от варианта конструкции, состоит из исследуемого объема почвы, через который проходит атмосферная или поливная влага и водоприемника (рис. Х.1). Исследуемая почва может быть ограничена стенками лизиметра или не иметь их, в этом случае т.н. корпус лизиметра будет состоять только из нижней стенки - поддона, через который и будет происходить аккумуляция гравитационной влаги и ее поступление в водоприемник. Именно такие варианты лизиметров разрабатывались Эбермайером (т.н. лизиметрические воронки Эбермайера), Шиловой (плоские лизиметры Шиловой).

На сегодняшний день существует множество различных модификаций лизиметрических установок: открытые и закрытые, с насыпной почвой или почвой ненарушенного сложения, они могут быть различного размера и объема. Корпус лизиметра может быть выполнен из металла, бетона, кирпича или синтетических материалов, которые должны быть как можно менее влагопроницаемы и обладать хорошей тепло- и температуропроводностью. Сооружение кирпичных, бетонных лизиметрических станций для многолетних лизиметрических экспериментов является весьма трудоемким и дорогостоящим мероприятием, требующим тщательной инженерной проработки. Методика и последовательность выполнения подобных инженерных сооружений подробно изложены в работах: Субботина, Баера, Лютаева, Homeyer, Браун, Kitching, Shearer, Brackke.
Пленочные лизиметры недолговечны, они легко повреждаются корневыми системами растений, почвенной фауной, деформируются при перепадах температуры и не могут использоваться для длительных стационарных исследований, однако их низкая стоимость, невысокие затраты труда позволяют применять для различного рода кратковременных экспериментов. Подробная технология изготовления, монтажа и использования изложена в работе Gubta.
По мнению Л.О. Карпачевского и И.М. Яшина использование отдельных деталей в различных типах лизиметров «... из стали, свинца, сплавов некорректно, поскольку под воздействием микроорганизмов почвы и органических лигандов возможно заметное повышение концентраций ионов металлов - железа, свинца, меди, ... и изменение реакции среды».
К недостаткам лизиметрического метода иногда относят то, что в объеме почвы лизиметра, ограниченном каркасом, имеет место нарушение температурного режима, исключается возможность горизонтального соле- и влагопереноса в зоне аэрации. Однако научные исследования показали, что в верхних слоях почвенного профиля (до 50 см) значительного искажения теплового режима не наблюдается, а в нижних его слоях отклонения от естественного фона незначительны (1—3°С). Хотя эти нарушения и приводят к изменению вертикальных градиентов температурного поля, однако перераспределение влаги за счет этого находится обычно в пределах точности ее определения. На дерново-подзолистых среднесуглинистых почвах больших лизиметрах МГУ площадью 8 м2 и глубиной 1.75 м были проведены специальные эксперименты для изучения влияния бетонных стенок лизиметров на латеральное распределение температуры почвы. На глубине 20 см проводились определения температуры и влажности почвы по сетке в июле и в сентябре 2004 г., показавшие независимость значений данных показателей от расстояния от местоположения точки до стенок лизиметра.