Процесс переработки растительных остатков происходит при самом тесном взаимодействии разнообразных микроорганизмов и почвенных животных. При этом определенную роль играют несомненно и ферменты самих разлагающихся тканей, обусловливающие автолитический распад их компонентов.
Взаимоотношения между микроорганизмами и почвенными животными при разложении опада и доля участия тех и других в процессе деструкции зависят от химического состава растительных остатков и условий развития процесса. Роль животных состоит прежде всего в измельчении растительного материала, благодаря которому заметно увеличивается его поверхность и он становится более доступным для дальнейшего использования микроорганизмами.
Между представителями почвенной фауны и обитающими в кишечниках беспозвоночных микроорганизмами часто складываются симбиотические отношения. Растительные остатки, проходя через кишечник животного, подвергаются там глубокой переработке, в которой участвуют как собственные ферменты беспозвоночного, так и ферменты микроорганизмов симбионтов. Некоторые компоненты опада преобразуются всецело за счет деятельности кишечной микрофлоры. В других случаях набор ферментов кишечника приблизительно соответствует ферментативному комплексу микроорганизмов симбионтов, что усиливает интенсивность превращения соответствующих субстратов в процессе пищеварения. Следовательно, ферментативные системы беспозвоночных и обитающих в их кишечниках микроорганизмов могут либо действовать в одном направлении, либо дополнять друг друга.
Диплоподы, моллюски, изоподы и личинки некоторых жуков разлагают преимущественно безазотистые вещества, и в их кишечниках обитают микроорганизмы, разлагающие крахмал, пектин, клетчатку и т. д. Энхитреиды, люмбрициды, люмбрикулиды и личинки двукрылых — главные минерализаторы белков и их производных. Симбионтами этих беспозвоночных являются микроорганизмы, участвующие в круговороте азота.
Попадая в кишечник животных вместе с пищей, одни микроорганизмы гибнут, другие же, находя здесь благоприятные условия для развития, активно размножаются. В результате этого экскременты беспозвоночных содержат обильную и активную микрофлору. Интенсивность микробиологических процессов в выбросах животных оказывается намного выше, чем в окружающей почве. Л.С. Козловская называет выбросы животных центрами биохимического распада и превращения растительных остатков.
Среди почвенных животных существуют виды-гумусообразователи и виды-минерализаторы. В экскрементах представителей первой из них обнаруживается повышенное количество гумусовых кислот, в выбросах второй — подвижных минеральных соединений.