Однако их доминирование трудно будет вызвать. Здесь скорее может помочь плазмида, передающая соответствующие свойства, которая начала бы циркулировать во внешней среде от одного микроорганизма к другому. Роль плазмид в кодировании экологически важных свойств микроорганизмов в настоящее время хорошо понята, и ее изучению уделяется очень много внимания. В проблеме имеется и еще одна трудность, которая состоит в том, что микробы-азотфиксаторы одновременно являются и денитрификаторами. Поэтому в определенных условиях среды внесенные азотфиксаторы могут дать начало денитрификации. Для успешного решения проблемы улучшения азотного питания растений за счет азотфиксации нужно учитывать, что по каким-то причинам природа чрезвычайно «боится» избытка азота в экосистемах. Имеется ряд микробиологических механизмов для предотвращения накопления избытка азота. К азотфиксации способны только прокариоты. Ни грибы ни высшие растения не могут проводить этот процесс. Уже здесь заложены основы для предотвращения избыточного накопления азота.
В климаксных растительных сообществах, как известно, почти нет бобовых растений, которые могли бы в симбиозе с клубеньковыми бактериями накапливать значительные количества связанного азота. Хорошо известно поведение почвенных микроорганизмов, которое проявляется при внесении в почву азотных удобрений. В действие вступают денитрификаторы и нитрификаторы, которые быстро удаляют азот в воздух и в грунтовые воды, причем эффективность их деятельности в этом отношении весьма велика. Способность сохранять гомеостаз по содержанию в почве связанного азота обеспечивается с помощью разных микробиологических процессов — нитрификации, денитрификации, иммобилизации в клетках, прекращения азотфиксации при наличии азота в среде, которые достаточно эффективно осуществляются благодаря наличию в почве микробного пула — большого и разнообразного по составу. Принцип дублирования, по которому строится комплекс почвенных микроорганизмов, делает систему весьма устойчивой и способной к быстрому устранению избытка азота. Таким образом, проблема успешного внесения несимбиотических микробов-азотфиксаторов представляется весьма трудной.
Сложно обосновать необходимость внесения микробов, разрушающих труднодоступные органические и минеральные соединения фосфора (так называемый фосфоробактерин или аналогичные препараты) или разрушающие силикаты, так как все эти микроорганизмы есть в любой почве, причем представлены многими и разнообразными видами.