Взаимодействия по типу паразит—хозяин могут осуществлять в почве бактериофаги и внутриклеточные паразиты рода Bdellovibrio. Распространенность и обширный спектр хозяев, на которые воздействуют бактериофаги и бделловибрионы, привели к предположению, что эти паразиты способны в природных субстратах регулировать размеры бактериальных популяций.
Экспериментально в лабораторных условиях было показано, что в течение длительного времени колебания численности взаимодействующих особей паразит—хозяин имели сложный нерегулярный характер с непостоянным периодом. Очевидно, эти взаимоотношения могут иметь большое значение для поддержания и регуляции микробных популяций в природной обстановке, однако выдвинутая гипотеза имеет ряд неясностей, например влияют ли паразиты на обитающих в почве потенциальных хозяев, разрушая их, или становятся сбалансированными компонентами. Взаимодействия в почве по типу хищник—жертва и паразит— хозяин имеют место, но далеко не всегда правомерно объяснение наблюдающихся флуктуации численности бактерий только за счет этих взаимодействий. Проявление этих механизмов особенно вероятно при очень высоких плотностях популяций.
В связи с изложенным нужно подвергнуть сомнению универсальность математической модели по типу простейшие—бактерии. Автор приписывает к случайным комплекс всех остальных причин, от которых зависит изменение численности бактерий, кроме выедания простейшими. Это предположение основывается на модифицированных экспериментальных данных о наличии в почве отрицательной корреляции (r=-0,333) между численностями бактерий и простейших. Однако коэффициент корреляции даже при его статистической значимости указывает лишь на то, что связь является весьма слабой. Не отрицая существования в почве взаимодействий хищник—жертва, следует отметить, что флуктуации численности микроорганизмов в почвах скорее всего обусловлены другими экологическими факторами, к которым прежде всего необходима отнести питательный субстрат. Эксперименты в хемостате для трехзвенной системы лимитирующий субстрат — бактерии — простейшие показывают, что действие субстрата оказывает решающее влияние на устойчивость системы. Это связано с тем, что усиленное размножение жертв в отсутствии хищника происходит не вследствие спонтанного стремления к беспредельному размножению, а как реакция на улучшение условий питания. Поскольку почва является структурированным биотопом, трудно предположить, что хищничество или паразитизм будет сильно влиять на динамику комплекса почвенных микроорганизмов.