Гипотезы, связанные с выяснением механизмов регуляции численности почвенных бактерий, можно рассмотреть в следующем порядке.
После обнаружения факта кратковременных пульсаций численности почвенных бактерий многие исследователи склонны были считать, что причиной колебаний являются взаимодействия по типу хищник—жертва или хозяин—паразит. Первые предположения были основаны на том, что численность бактериальных клеток при внесении в почву хищника начинает колебаться. Дальнейшие исследования показали, что число бактерий снижалось при внесении в почву простейших. Полученные данные были использованы для объяснения взаимодействия двух групп микроорганизмов в почве: быстрый подъем численности бактерий приводит к увеличению численности питающихся ими простейших. В результате развития последних происходит снижение количества бактерий, далее, из-за недостатка пищи снижается количество простейших, а бактерии снова начинают активно размножаться. При увеличении числа бактерий вновь создаются благоприятные условия для развития простейших и т. д. Однако эта гипотеза не подтвердилась, так как периодические колебания численности были обнаружены и в почве, лишенной простейших.
На современном этапе вновь появились работы, свидетельствующие о возможной роли простейших в регуляции числа бактерий в почве. При внесении простейших в жидкие среды наблюдается более резкое падение числа бактерий, чем в почве. В почве действуют факторы, защищающие бактерии от выедания простейшими (микрозональность почвы, адгезия клеток бактерий и простейших, закрытые пространства внутри структурных отдельностей). Степень защиты жертвы от выедания хищником зависит от размеров почвенных агрегатов.
Численность разных видов бактерий уменьшается при внесении в почву простейших. Однако бактерии не исчезают полностью, но их численность устанавливается на уровне 10в6-7 клеток на 1 г. Число простейших увеличивается, после чего начинаются их гибель и переход в цисты. В почве с добавлением антибиотика, подавляющего развитие простейших, число бактериальных клеток оставалось постоянным. Способность испытанных бактерий сохраняться в исходном количестве в почве, когда простейшие находятся в подавленном состоянии, и, наоборот, резко уменьшаться в числе, если они становятся устойчивыми к антибиотику, послужила основанием для утверждения, что простейшие — основной регулятор количества почвенных бактерий, особенно при высоких плотностях популяций. Универсальность высказанного предположения опровергают работы, в которых установлены более сложные взаимоотношения простейших и бактерий. Обнаружено, что в природных условиях простейшие не вызывают кратковременных периодических изменений численности бактерий.