Охарактеризовать изменение грибов в процессе сукцессии очень важно, так как они часто являются главным активным компонентом почвенной биоты. Актиномицеты в настоящем разделе объединяются с грибами, так как они также мицелиальные микроорганизмы, и при изучении грибов и актиномицетов часто можно применять сходные методические приемы.
Методы изучения грибов и актиномицетов, как и бактерий, связаны либо с прямой микроскопией почвы, либо с посевами на питательные среды. Для учета грибов прямым микроскопическим методом используют метод мембранных фильтров. Мы предпочитаем для определения длины грибного мицелия использовать фазово-контрастную микроскопию, причем длина грибного мицелия учитывается в тех же препаратах, приготовленных на предметных стеклах, где ранее люминесцентным методом были подсчитаны бактерии. Этот метод дает возможность более полно учесть грибные гифы, так как при применении мембранных фильтров часть гиф оказывается закрытой почвенными частицами, которые лежат на фильтре слоем в несколько рядов.
Учет длины гиф актиномицетов проводится на препаратах, окрашенных акридином оранжевым, вместе с бактериями.
Посев грибов обычно осуществляется на подкисленную среду Чапека или другие среды для грибов. Основная трудность при интерпретации метода посева состоит в том, что нельзя разграничить колонии, выросшие из мицелия и из спор. Очень информативным оказалось совокупное использование данных прямого микроскопического метода и посева на питательную среду.
Необходимо отметить большое (в 5 раз) возрастание длины мицелия грибов в течение первой недели после внесения в почву глюкозы. В остальных вариантах наблюдается 1,5—2-кратное увеличение длины мицелия (рис. 27).
Возрастание числа колоний по посеву (см. рис. 27) наступает либо почти сразу (со 2-х суток), либо после некоторого небольшого снижения показателя, численности, которое можно объяснить тем, что в исследованном образце до его увлажнения и внесения питательных веществ грибы находились в состоянии спор.

В результате прорастания спор после внесения питательных веществ снижается устойчивость к воздействию неблагоприятных факторов, что может приводить к уменьшению суммарной численности спор и живых гиф, определяемых методом посева. Так или иначе возрастание численности грибов, по данным обоих методов, после внесения веществ и влаги свидетельствует об «омоложении» грибной компоненты комплекса почвенных микроорганизмов.
Чем выше возрастает численность грибов по посеву после внесения питательных веществ, тем медленнее происходит или совсем не происходит ее снижения на поздних этапах сукцессии. При резком уменьшении длины мицелия грибов по прямому методу это может свидетельствовать о начале процесса массового спорообразования, приуроченного к более поздним стадиям микробной сукцессии.
Одному и тому же количеству колоний по методу посева могут соответствовать совершенно различные «состояния» комплекса почвенных грибов, а сам метод посева еще недостаточно характеризует их сукцессию, если иметь в виду определение численности. Точно так же, определяя динамику длины мицелия по прямому микроскопическому методу, начиная с 25-х суток невозможно зарегистрировать различий между тремя исследованными вариантами. Более продуктивным здесь, как и в случае с бактериями, оказывается нахождение отношения численностей, определенных прямым методом и методом посева (коэффициент Z).
При прямом микроскопировании почвенной суспензии учитываются число обрывков мицелия и их длина, причем этот метод не дает возможности дифференцировать живые и мертвые гифы. Методом посева на среде Чапека учитывается число грибных зачатков, т. е. сумма живых обрывков мицелия и спор, которые могут развиваться на данной среде. Можно записать следующее уравнение:

где а — число обрывков живых гиф сахаролитических грибов; b — число нежизнеспособных гиф и грибов с иными пищевыми потребностями и низкими скоростями роста; с — число спор.
Член уравнения a/a+c≤1. Поскольку значения коэффициента Z, полученные в ходе опыта, намного превышали единицу, данным членом уравнения можно пренебречь, и оно приобретает более простой вид: