Принципы строения и функционирования комплекса почвенных микроорганизмов, изложенные выше, должны помочь выработке наиболее правильных подходов при изучении почвенных микроорганизмов. Они должны использоваться для выработки критериев целостности и повреждения комплекса почвенных микроорганизмов, что особенно необходимо в настоящее время в связи с загрязнением природных экосистем пестицидами, тяжелыми металлами, избыточным количеством удобрений и т. д. Они также важны при решении вопросов об искусственном внесении в почву тех или иных микроорганизмов или регулировании комплекса почвенных микроорганизмов иными путями.
Люди на земле провели ряд существенных изменений в природных экосистемах. Одним из таких изменений была распашка огромных территорий и замена естественных биогеоценозов искусственными с большой чистой продуктивностью. При этом потребовалась интенсификация в проведении почвенно-микробиологических процессов. Основываясь на принципе микробного пула, можно констатировать, что комплекс почвенных микроорганизмов по самой своей природе должен легко обеспечить эту задачу.
Другим существенным изменением, особенно в последние десятилетия, являются химизация сельского хозяйства и увеличение количества промышленных химических загрязнений почв. Исходя из описанных принципов, можно сказать, что и к этому воздействию комплекс почвенных микроорганизмов в определенной степени подготовлен (достаточно вспомнить имеющийся огромный микробный генофонд), но введение неприродных соединений, а также введение веществ в количествах, превышающих запас прочности почвенной биоты, могут привести к катастрофическим последствиям. Причем в первую очередь это проявляется на увеличении различных выбросов из почвы, которые могут оказаться вредными или губительными для ландшафта или даже биосферы. Наступает разрушение комплекса почвенных микроорганизмов как системы.
Важным новым открытием, которое должно использоваться в экологии почвенных микроорганизмов, является кометаболизм у микроорганизмов. Установлено, что микроорганизмы могут разрушать ряд труднодоступных веществ, в том числе и неприродных органических веществ (полимеры, пестициды), когда в среде имеются легкодоступные органические вещества. Поэтому для предотвращения накопления в почве пестицидов и других вредных веществ в почву необходимо вносить органические удобрения, т. е. открыт новый аспект полезного действия внесения в почву органических веществ.
Принципы строения и функционирования комплекса почвенных микроорганизмов должны широко использоваться при разработке критериев целостности и повреждения этого комплекса в связи с применением удобрений, пестицидов, загрязнением почвы, а также при решении вопросов о целесообразности внесения в почву тех или иных «полезных» микроорганизмов или регулирования комплекса почвенных микроорганизмов путем изменения среды обитания.