Многие микробиологи-экологи считают, что имеются специфические группы микроорганизмов, использующие определенные органические вещества. Особенно это касается грибов; существует мнение о наличии специфических групп сахаролитических, пектинолитических, целлюлозолитических грибов.
Однако такое деление во многом условно. В отношении сахаролитических грибов, нужно заметить, что вообще нет микроорганизмов, которые не обладали бы гидролазами. Поэтому наряду с использованием сахаров и других мономерных органических соединений сахаролитические грибы могут использовать и некоторые полимеры, особенно крахмал, белки и т. д. Кроме того, гидролазы всегда содержатся в почве, и микроорганизмы могут использовать для своей жизнедеятельности «чужие» гидролазы. Даже микроорганизм, который обладает специфическими гидролазами типа целлюлаз, вполне может использовать ряд мономеров.
Из сказанного, конечно, нельзя делать вывод об отсутствии физиологических различий между микроорганизмами, однако на данном этапе развития экологии микроорганизмов особенно нужно подчеркнуть полифункциональность каждого вида микроорганизма. Принцип дублирования в проведении определенных физиолого-биохимических процессов широко распространен. Чем больше дублеров, тем быстрее идет процесс (разложение сахаров, спиртов, органических кислот), чем меньше дублеров, тем медленнее идет процесс (разложение фенола, анилина, нафталина, ряда пестицидов и т. д.).
Принцип дублирования весьма широко действует в почвах и, очевидно, дает возможность более точно и тонко поддерживать гомеостаз даже в изменяющихся физико-химических условиях.
Принцип дублирования касается того или иного важного процесса (азотфиксации, нитрификации, разложения целлюлозы, фосфорорганических соединений), а также синтеза ряда веществ (различных групп гидролитических ферментов, меланинов и меланоидов, принимающих важное участие в гумусообразовании, витаминов и т. д.). Аналогичные процессы происходят в аэробных и анаэробных условиях, при низких и высоких температурах разными систематическими группами микроорганизмов.
Принцип дублирования может быть в некоторой степени распространен и среди низших таксономических групп микроорганизмов. Например, можно утверждать, что в каждой почве встречаются и одновременно функционируют виды микроорганизмов-Дублеров. Таким образом, для почвы, взятой в целом, как бы не соблюдается правило Гаузе о том, что два вида не могут занимать одну и ту же нишу в экосистеме. Однако правило Гаузе в совокупной массе почвы и не должно действовать, так как почва представляет собой множество экологических ниш, разделенных в пространстве и во времени. В разных частях почвы как чрезвычайно структурированного биотопа микробные ассоциации функционируют относительно изолированно.
Принцип дублирования тесно связан с принципом пула микроорганизмов.