Роль изучения почвенных микроорганизмов в последнее время начинает резко возрастать в связи с интенсификацией сельского хозяйства, а также с изменением и загрязнением биосферы, которое в настоящее время происходит из-за все усиливающейся хозяйственной деятельности человека. Необходимо знать законы, по которым функционируют почвенные микроорганизмы в естественных экосистемах, определить происходящие в них изменения и наметить пути их регулирования.
Почвенная микробиология, хотя она по существу экологическая дисциплина, очень долго развивалась в отрыве от общей экологии, и в настоящее время одна из главных ее задач — овладение и творческое применение идей и концепции общей экологии.
Экология — одна из фундаментальных биологических дисциплин, и таковой во многом ее делает единство основных экологических законов независимо от того, рассматриваются ли растения, животные или микроорганизмы, и независимо от специфики конкретной экосистемы. Подобно принципу биохимического единства, который сыграл большую роль в развитии современной биохимии и молекулярной биологии, экология также характеризуется единством общих законов, хотя в конкретных экосистемах и при рассмотрении определенных организмов приходится встречаться и со специфичностью. В задачи почвенной микробиологии входят: рассмотрение общих экологических закономерностей, обязательных для всех экосистем и организмов, в том числе и для микроорганизмов (гомеостаз, сукцессия, биологическая организованность сообществ и т. д.); рассмотрение специфических законов, действующих в микробных экосистемах или микробных компонентах экосистем (наличие специфических функций, например азотфиксации, способности к разложению определенных классов органических веществ, способности необычайно быстро размножаться и осваивать экологическую нишу), а также поиски специфичности строения и функционирования комплекса почвенных микроорганизмов (пул, дублирование и т. д.). Последнее направление является прямой и важнейшей функцией почвенной микробиологии. Необходимо четкое понимание и формулирование основных закономерностей и концепции функционирования почвенных микроорганизмов.
Экосистемы отличаются определенной прочностью, которая выражается в способности поддерживать гомеостаз. С помощью почвенных микроорганизмов в естественных биогеоценозах такой гомеостаз осуществляется в отношении поддержания на постоянном, характерном для данного типа почвы уровне органического вещества (гумуса), определенного содержания подвижного азота, фосфора, вероятно, в поддержании определенной, характерной для данной почвы скорости разрушения и синтеза минералов и т. д.