Господство в верхних горизонтах почв и подстилке грибов свидетельствует также о существовании достаточно аэробных условий в этих почвенных горизонтах. Напомним, что почти все грибы, за исключением грибов рубца и некоторых дрожжей, — аэробы. Некоторые из них, однако, в определенных условиях могут образовывать и кислоты, не доводя процесс окисления до выделения СО2.
Микрозоны с различными окислительно-восстановительными условиями очень подвижны во времени. Анаэробные зоны существуют сравнительно недолго. Отмечается следующая последовательность процессов в микрозоне, обогащенной органическим веществом. Сначала бурно развивается аэробный процесс и создается недостаток кислорода. В глубине скопления органического вещества (обнаружено, что кислород почти не поступает в колонию гриба или бактерий на расстояние нескольких десятков микрометров от поверхности) в качестве источника кислорода последовательно начинают использоваться нитраты, сульфаты и, наконец, карбонаты (углекислота), которые превращаются в метан. Затем жизнь замирает в связи с исчерпанием органического вещества, и зона превращается в аэробную. Если органическое вещество было не полностью использовано в анаэробных условиях, оно продолжает использоваться в аэробной зоне.
Известно, что в почвах могут возникать и длительно сохраняться обширные зоны, в которых господствуют восстановительные условия, — глеевые горизонты. В них преобладают факультативные и облигатные анаэробы. Причина глееобразования — развитие микроорганизмов в условиях крайне замедленного поступления кислорода.
Обычно даже нижние горизонты почвы содержат значительное количество кислорода. Часто насыщены кислородом и грунтовые воды. Только с большой глубины иногда поступают грунтовые воды с восстановительными свойствами. В глеевых горизонтах господствуют анаэробные условия, но есть определенные зоны, например по ходу корней, в которых создаются аэробные условия. В почвах нет горизонтов, в которых развивались бы одни аэробы или одни анаэробы.
Значение соотношения и сопряженности аэробных и анаэробных микрозон рассмотрено в работах Г.А. Заварзина. В атмосфере содержится много кислорода (21%), а лимитирующим фактором в развитии аэробных микроорганизмов кислород становится, когда его содержание падает ниже 1%. В таких микроаэрофильных условиях развитие микроорганизмов проходит специфично. В почвах большинство микроорганизмов развивается в условиях, при которых содержание кислорода приближается к критическому уровню и на определенных стадиях становится лимитирующим фактором. В естественных условиях в почве обычно одновременно существуют микрозоны со всей гаммой перехода условий от аэробных до строго анаэробных.