Концентрация ионов водорода (рН), как известно, оказывает очень сильное влияние на жизнедеятельность микроорганизмов. Иногда микроорганизмы не развиваются только из-за того, что в среде создается неблагоприятное для их развития рН. Для каждого микроба устанавливаются оптимальные, минимальные и максимальные значения рН окружающей среды. Однако считают, что все микроорганизмы, даже растущие при экстремальных значениях рН, располагают какими-то механизмами для поддержания внутриклеточного рН на уровне, близком к нормальным физиологическим величинам. В почве есть микроорганизмы, имеющие либо низкий, либо широкий диапазон рН, в котором возможно их развитие: одним нужна нейтральная, другим — кислая, а третьим — щелочная среда (табл. 18). Хотя это может показаться на первый взгляд странным для эколога, из каждой почвы вне зависимости от ее рН выделяются все группы микроорганизмов, резко различающихся по их отношению к кислотности. Это связано с существованием в каждой почве различных микро- и мезозон, резко различающихся по кислотности. Следует отметить, что рН водной или солевой вытяжки из почвы дает возможность судить только об усредненном значении рН. Эта величина, естественно, не может характеризовать условия существования в отдельных микрозонах. В зонах с интенсивным выделением СО2, например на поверхности корней, будут создаваться зоны с более низкими значениями рН. При внесении извести в кислые почвы вокруг гранул удобрения будут создаваться особые микрозоны с нейтральной реакцией. В кислой почве вблизи разлагающегося белка может создаваться щелочная среда. В щелочных почвах в результате локального развития нитрификации могут возникать микрозоны с кислой реакцией среды. Микробы могут активно изменять рН в микрозонах. Например, при использовании белков активное декарбоксилирование аминокислот приводит к накоплению щелочных аминов, а активное дезаминирование — к образованию органических кислот. Микроорганизмы, вызывающие брожение, могут в зависимости от условий образовывать либо нейтральные соединения, либо кислоты. Особое рН создается на поверхности почвенных частиц. Здесь создается большая концентрация ионов водорода из-за его адсорбции на отрицательно заряженных поверхностях.