С целью наиболее полного учета количества микроорганизмов образцы почв подвергались самым различным механическим и химическим воздействиям. Было установлено, что механические воздействия гораздо более эффективны, поэтому они были выбраны как главные. Кроме того, часто бывает нежелательным внесение химикатов в среду для культивирования микроорганизмов, и химических обработок лучше избегать.
Из механических воздействий испытывались: 1) 1-минутное перемешивание от руки почвенной суспензии в колбах; 2) 10-минутное встряхивание почвенной суспензии в пробирках, закрытых резиновыми пробками; 3) растирание почвы, увлажненной до пастообразного состояния; 4) обработка на пропеллерной мешалке — миксере (микроизмельчитель тканей РТ-2, 5 000 об/мин); 5) обработка ультразвуком небольшой частоты и мощности на установке английской фирмы MSE или установке УЗДН-1 отечественного производства.
Механическая обработка была наиболее эффективной, а химическую обработку оказалось целесообразнее проводить лишь в сочетании с механической. Из химических веществ испытывались пирофосфат натрия, натриевая щелочь, органические и неорганические кислоты (для карбонатных почв), поверхностно-активные вещества (ПАВ), ферменты.
В табл. 11 представлены лучшие варианты обработки, которые могут представлять интерес в практической работе микробиологов. При учете бактерий и актиномицетов лучшим приемом для всех почв оказалась обработка ультразвуком (УЗ), причем для. некоторых почв ее нужно было сочетать с химическим воздействием определенными реагентами. Сочетание обработки ультразвуком с воздействием пирофосфатом натрия дает существенное увеличение определяемого количества бактерий в красноземе (структура почвы образована полуторными окислами, которые растворяются пирофосфатом), а сочетание ультразвуковой обработки с воздействием алкилсульфатами натрия дает увеличение определяемого числа бактерий в черноземе и каштановой почве (структура почв образована органическими веществами).

Учитываемое количество бактерий в разных типах почв после предварительной обработки возрастает не пропорционально: в одних почвах в 2—5 раз, в других — в 10—1000 раз. Эффективность обработки в большой степени зависит от особенностей исследуемого типа почв (табл. 12). В дерново-подзолистой почве определяемое количество бактерий увеличилось в 3,5—4,8 раза, в перегнойно-глеевой почве — в 450—1050, в черноземе — в 15— 22, в каштановой почве — в 7—8, в сероземе — в 4, в красноземе — в 4—10 раз.
Больший эффект получается для тех почв, которые сильно агрегированы, содержат большое число адгезированных клеток и микроколоний. Например, эпилюминесцентная микроскопия показывает, что перегнойно-глеевая почва чрезвычайно богата бактериями и в этом отношении резко выделяется среди всех остальных исследованных почв. В этой почве определено 15 млрд. клеток бактерий на 1 г почвы, причем большинство клеток было адгезировано, а также располагалось внутри агрегатов. Обнаружено также очень много микроколоний.