Разрушение структуры ДНК путем автоклавирования почвы приводит к исчезновению зеленого свечения клеток, и они становятся красными. Однако возможен такой случай, когда клетка уже мертвая, но ДНК сохранила свою нативную структуру. В этом случае клетка будет светиться зеленым, но в обычных условиях такие случаи встречаются не так часто. Красным могут светиться не только мертвые клетки, но и наиболее активно метаболизирующие клетки, содержащие большое количество РНК. В этом случае для доказательства того, что они живые, можно обработать клетки РНК-азой: РНК исчезает и остается ДНК, которая светится зеленым. Отметим, что при окрашивании акридином оранжевым обычно светится не вся клетка, а ее центральная часть — «нуклеоид». Изучая почвы под люминесцентным микроскопом при окраске акридином оранжевым, мы пришли к выводу, что почва содержит лишь небольшое количество мертвых бактериальных клеток. Метод не дает возможности различить живые и мертвые гифы грибов. Для этого рекомендуется использовать диацетат флуоресцеина.
Живые клетки обладают ферментом, который отщепляет ацетат и, таким образом, дает возможность проявиться окраске флуоресцеина. Сам диацетат флуоресцеина не обладает люминесценцией. Однако может быть ошибка за счет того, что клетка может погибнуть, но фермент сохраняется. В определенных условиях (низкие температуры, лимитация по элементам питания) в почвах, например тундры, может накапливаться значительное количество мертвых клеток и гиф грибов. Другой метод разделения живых и мертвых клеток состоит в проведении опытов с налидиксовой кислотой.
При окрашивании почвы акридином оранжевым и проведении эпилюминесцентных исследований почвенные частицы в силу гетерогенности своей поверхности имеют весьма различную окраску. Одни флуоресцируют самыми различными оттенками красного цвета, другие — желтым и зеленым, а третьи выглядят абсолютно черными. Отдельные участки почвенных частиц и агрегатов почти всегда светятся разными цветами или имеют разные оттенки, что также указывает на гетерогенность их поверхности. Интенсивная красная окраска присуща гуминовым веществам, зеленая и желтая — обрывкам лигноцеллюлозы, черная — некоторым минеральным частицам. По почвенным частицам разбросано большое количество одиночных и собранных в колонии прикрепленных клеток микроорганизмов. С помощью люминесцентной микроскопии удалось выяснить, что большая часть почвенных микроорганизмов (бактерий, актиномицетов, грибов, дрожжей, водорослей, простейших) в естественных условиях адгезирована на почвенных частицах. Это относится и к вегетативным клеткам и спорам. Такое явление наблюдалось во всех исследованных почвах. Однако в дерново-подзолистых, подзолистых и серых лесных почвах встречается относительно меньшее количество адгезированных клеток (50—60%). В богатой гумусом и тяжелой по механическому составу перегнойно-глеевой почве и в черноземах на поверхности частиц и агрегатов находится гораздо больше клеток (90%). Другие почвы (каштановые, сероземы) занимают среднее положение.