Микробы в почвах располагаются преимущественно на поверхности твердой фазы. Это явление было названо адсорбцией микроорганизмов. В последнее время для обозначения описываемого явления стали применять еще два термина: адгезия и иммобилизация.
Адгезию микробных клеток в почвах начали изучать С. Н. Виноградский, Н. Н. Худяков, Д. М. Новогрудский.
Изучение шло двумя путями. С одной стороны, выясняли адгезию собственных микроорганизмов почв, с другой стороны, были проведены очень большие модельные эксперименты, в которых изучалась адгезия искусственно внесенных в почву чистых культур микроорганизмов. Часто опыты ставились не с почвами, а с минералами, ионообменными смолами и другими адсорбентами. Такой подход оказался правильным и позволил гораздо лучше изучить рассматриваемое явление.

Для изучения адгезии собственно почвенных микроорганизмов особенно много дали люминесцентно-микроскопический метод и электронная сканирующая микроскопия, хотя широкое распространение адгезии микробов в почвах было отмечено с помощью метода Виноградского при окраске почвы эритрозином.
Метод люминесцентной микроскопии очень удобен для изучения адгезии микроорганизмов и вообще для исследования специфики почвы как среды обитания микроорганизмов. Поэтому рассмотрим его более подробно. Было предложено много люминесцирующих красителей (флуорохромов) и много методов, однако наибольшее распространение получил метод Штруггера с использованием в качестве красителя акридина оранжевого. Этот основной (катионный) краситель отличается тем, что в форме мономера (одиночных катионов) он дает зеленое свечение, а в форме димера (сдвоенных катионов) он светится красным. При разном соотношении форм флуорохрома получается свечение с широкой гаммой цветов и всевозможных оттенков (красный, желтый, зеленый). На почвенных частицах флуорохром концентрируется в больших количествах и в большинстве случаев дает красное свечение при возбуждающем сине-фиолетовом свете. Часть частиц выглядят черными — они не адсорбируют краситель.
Некоторые частицы выглядят желтыми и зелеными. Клетки микроорганизмов обычно светятся зеленым. В неповрежденную нативную спираль ДНК клетки краситель входит только в виде одиночных катионов и заставляет ее светиться зеленым. РНК не имеет такой жесткой структуры как ДНК, краситель образует агрегаты, и РНК светится красным. Краситель связывается с кислыми полисахаридами и белками и другими анионными соединениями. С помощью этого красителя можно, хотя бы частично, дифференцировать живые и мертвые клетки, и хотя этот метод относительный, как и все другие методы окраски, однако, особенно при изучении нативных почв, не получавших свежего органического вещества, его можно использовать. В обычных почвах большинство клеток являются голодающими. Они не имеют большого количества РНК и запасных питательных веществ. ДНК составляет значительную часть клетки. Она и обусловливает яркое и четкое зеленое свечение клеток почвенных бактерий.