Кроме того они синтезируют и выделяют во внешнюю среду разнообразные гидролитические ферменты, которые расщепляют любые органические субстраты, вплоть до лигнина. За сутки грибы разлагают в 2-7 раз больше органического вещества, чем потребляют. Мицелий грибов может достигать длины 700-1000 м в 1 г почвы. Он способствуют агрегации (оструктуриванию) почвенных частиц. Выделяя в среду многие органические кислоты, грибы растворяют первичные и вторичные минералы и переводят химические элементы в доступные для растений формы. Грибы-хищники уничтожают многих вредителей корневых систем растений (нематод, амеб) и перспективны для разработки биологических методов борьбы с ними.
Выделяется большая группа грибов-симбионтов, сожительствующих с водорослями в составе лишайников, играющих большую роль в первичном почвообразовательном процессе.
Многие виды грибов могут приносить вред. Они вызывают ряд заболеваний культурных растений, могут быть причиной порчи сельскохозяйственной продукции и пищевых продуктов, деревянных построек и строительных покрытий. Среди грибов есть возбудители опасных заболеваний животных и человека.
Плодовые тела многих грибов (более 100 видов) употребляются в пищу как человеком, так и многими животными.
Бактерии — наиболее многочисленная группа микроорганизмов в почве. Их численность может достигать нескольких миллиардов в 1 г почвы.
По типу питания они могут быть гетеротрофными и автотрофными, по отношению к потребностям в свободном кислороде — аэробными и анаэробными, по виду используемой энергии — фототрофными (световая) и хемотрофными (химическая). Бактерии выполняют самые разнообразные процессы в почвах.
Фотобактерии — многие представителя обладают азотфиксирующей способностью.
Скотобактерии — разлагают легкодоступное органические вещество, в том числе в прикорневой зоне (ризосфере).
Псевдомонады — некоторые представители обладают денитрификационной способностью.
Азотобактерии — свободноживущие аэробные азотфиксаторы.
Клубеньковые бактерии — обладают симбиотической азотфиксацией.
Энтеробактерии — некоторые представители — активные возбудители гнилостного процесса (распад белков).
Почкующиеся бактерии — обладают нитрифицирующей, а некоторые и денитрифицирующей способностью.
Цитофаги — активные разлагатели целлюлозы.