Представление о комплексе почвенных микроорганизмов вводится взамен понятия «микробоценоз», которое является не вполне удачным, так как в почве часть микроорганизмов связана с растениями, часть — с животными и нет функционально единой изолированной системы микроорганизмов (микробоценоза). «Комплекс» — понятие более нейтральное и не предполагает обязательного взаимодействия отдельных элементов. Рассматриваемая концепция отрицает идею о глобальной строгой и жесткой организованности почвенных микроорганизмов в единую систему на основе средовых гормонов или какими-либо другими способами.
Гомеостаз в почве поддерживается с помощью механизмов, основанных в первую очередь на микробном пуле. В почвах всегда имеется избыточный пул (запас) микробов, не обеспеченных органическим веществом и другими элементами питания. Благодаря наличию этих лимитирующих факторов непрерывное развитие и размножение микроорганизмов не осуществляются. При глобальном рассмотрении всей массы почвы первым лимитирующим фактором в развитии почвенных гетеротрофных микроорганизмов является недостаток органического вещества, и отчасти других питательных веществ, особенно фосфора. Температура и влажность в качестве лимитирующих факторов выступают на протяжении определенных отрезков времени (зима, летняя засуха), но не влияют на валовую минерализацию органического вещества. В климаксных системах, как известно, все синтезируемое в экосистеме органическое вещество разлагается, и запас органического вещества остается постоянным.
При построении комплекса почвенных микроорганизмов выполняется общий закон развития экосистем — сукцессия движется по пути поддержания единицей энергии все большей биомассы организмов. Это правило оказывается справедливым и для почвенных микроорганизмов. Особенно четко это проявляется в том случае, если потенциальный пул микроорганизмов рассматривается как климаксная система. Наличие микробного пула является одним из важнейших факторов среди тех, на которых основано функционирование комплекса почвенных микроорганизмов. На протяжении всего развития почвенной микробиологии представления о численности микроорганизмов в почве, т. е. о ее микробном пуле, сильно изменились, причем определяемая численность все время увеличивалась. Сначала применяли метод посева на питательные среды и, таким образом, учитывали сравнительно немного микроорганизмов. Количество бактерий определялось миллионами клеток на 1 г почвы. Применение прямого микроскопического метода Виноградского позволило учесть в почве в тысячи раз больше бактерий: от сотен миллионов до 1—2 млрд. на 1 г почвы. Использование люминесцентной микроскопии в отраженном свете еще увеличивало учитываемое количество микроорганизмов. По методу Виноградского часть клеток нельзя было учесть из-за адсорбции их на почвенных частицах и агрегатах.