С помощью описываемого метода удается видеть микроорганизмы, расположенные непосредственно на поверхности корневых волосков. Рассмотреть клетки микробов на поверхности корневых волосков, извлеченных из почвы, в обычном микроскопе очень трудно, так как исследования затрудняются прилипшими к волоску почвенными частицами. В люминесцентный микроскоп можно видеть, что на поверхности корневых волосков адгезированы одиночные клетки и целые микроколонии. Иногда несколько микроорганизмов прикреплено к одному волоску, причем они могут принадлежать к разным видам.
Для изучения ризосферных микроорганизмов в почве с ненарушенной или только слабо нарушенной структурой была применена другая методика подготовки препаратов. С помощью формы с острыми краями брали небольшой почвенный монолит из участка почвы, содержащего корни растений. Верхняя грань монолита срезалась острой бритвой. На участок среза, через который проходил корень, наносили каплю акридина оранжевого. Сверху накладывали покровное стекло, и препарат рассматривали в отраженном свете. Благодаря этой методике удалось получить более полную картину распределения микроорганизмов в ризосфере. Этот метод позволяет видеть больше микроколоний и меньше одиночных клеток. Отмечено резкое уменьшение количества микроорганизмов по мере удаления от корня.
Метод люминесцентной микроскопии может быть с успехом применен для изучения микрофлоры ризосферы. При этом нужно пользоваться падающим светом (эпилюминесценция). В ризосфере на поверхности корней, корневых волосков и приставших к ним почвенных частиц располагается большое количество микроколоний и одиночных адгезированных клеток микроорганизмов. Они прочно удерживаются на поверхности, к которой прикреплены, и их трудно десорбировать, с чем необходимо считаться при количественном учете микроорганизмов ризосферы и ризопланы. Многие микроколонии трудно разделить на составляющие их клетки.
Большие возможности в изучении специфики почвы как среды обитания микроорганизмов дает электронная микроскопия: трансмиссионная и сканирующая.
Трансмиссионная электронная микроскопия показала, что в почве находится еще больше микроорганизмов, чем обнаруживает люминесцентная микроскопия, причем много ультрамикроскопических форм. Это положение можно считать доказанным. Однако количественный учет микроорганизмов в почве с помощью просвечивающей микроскопии пока недостаточно разработан и имеет две нерешенные проблемы: 1) нет критериев для разграничения почвенных коллоидных и предколлоидных частиц от микроорганизмов; 2) концентрирование микроорганизмов в пленках на поверхности жидкости вносит значительные ошибки в определения. Метод хорош для обнаружения новых форм, но пока мало пригоден для количественного учета.
Ценные сведения просвечивающая электронная микроскопия дала в отношении изучения адгезии микроорганизмов почвенными частицами. Этот метод выявляет ультраструктуры, с помощью которых осуществляется прикрепление. Это выросты капсул, иногда сами капсулы, фимбрии и т. д. Иногда клетки служат мостиком, соединяющим почвенные частицы и образующим агрегаты.
Часть бактериальных клеток, расположенных на поверхности почвенных частиц, не видна, так как они погружены в органоминеральный гель, окружающий почвенные частицы.