Разложение скоплений органического вещества (лесная подстилка, степной войлок, мертвые корни растений и другие растительные и животные остатки) ближе к условиям лабораторных питательных сред. Здесь развитие микроорганизмов идет по другим законам, чем на поверхности почвенных частиц, связь с минеральной частью почвы гораздо меньше. Основная роль почвы состоит в том, что она поставляет микроорганизмы для разложения органического вещества.
Значительно сложнее выглядит почвенная микро- и мезозональность при наличии в почве живых растений и животных. Особенно большое значение имеет ризоплана и частично ризосфера, где микроорганизмы развиваются за счет корневых выделений и корневого отпада. Специфические типы микрозон включают микроорганизмы, связанные с беспозвоночными животными, в первую очередь кишечный тракт беспозвоночных.
В последнее время наметился значительный прогресс в изучении микроорганизмов ризосферы и ризопланы. К разложению скоплений органических веществ можно подойти, исходя из развития микроорганизмов на лабораторных питательных средах и в ферментерах. Особенно неясным остается вопрос о микроорганизмах, связанных с животными.
Отметим, что примерно 70% разлагаемых органических веществ приходится на растительные остатки, примерно 30% — на корневые выделения и корневой отпад. Грибы имеют большее значение в разложении органических веществ, чем бактерии. Микроорганизмы разлагают 95% органических веществ, животные, в том числе и беспозвоночные, — только 5%. Оценки эти весьма ориентировочны и, вероятно, будут сильно меняться. Здесь они приводятся лишь для общей приблизительной ориентации исследователей и для того, чтобы подчеркнуть необходимость их уточнения.
Получены довольно многочисленные данные по колебаниям отмеченных величин в конкретных экосистемах. В отдельных экосистемах (биогеоценозах) эти соотношения, например по долевому участию грибов, бактерий и беспозвоночных животных, могут резко меняться. Однако методы, с помощью которых получаются отмеченные соотношения, оставляют желать лучшего, и поэтому работы такого рода нами более подробно не рассматриваются, хотя сам факт больших различий в зависимости от типа экосистемы не вызывает сомнений.
Вышеизложенное касается роли определенных групп организмов в деградации органических веществ и потоке энергии. При рассмотрении других процессов, например таких, как азотфиксация, роль в образовании физиологически активных веществ, структурообразовании, рыхлении почвы и т. д., значение отдельных групп организмов может резко меняться.