Органические удобрения — второй по значению (в количественном отношении) источник гумуса в пахотных почвах. В отличие от растительных остатков в навозе и торфяных компостах до 50% их массы составляют готовые гумусовые вещества. Органические удобрения, как правило, характеризуются узким отношением С : N (ниже 20-25). Оптимальная доза органических удобрений составляет 15-40 т/га в год (4-10 т/га сухого вещества) в зависимости от культуры. Однако фактически вносится значительно меньше.
Влияние обработок почвы на условия гумусообразования проявляется разносторонне. В результате механических обработок происходит равномерное распределение массы органических удобрений и послеуборочных остатков в пределах пахотного слоя, что положительно сказывается на гумификации: улучшается аэрация, возрастает скорость разложения как источников гумуса, так и самого гумуса. Снижение содержания гумуса и ухудшение структурного состояния почв — негативные последствия интенсивных обработок.
Влияние минеральных удобрений на гумусовое состояние почв может быть прямым и косвенным. Прямое проявляется в изменении условий гумификации (реакция среды, пептизация гумусовых веществ, воздействие на почвенную биоту и ферментативную активность); косвенное — через посредство растений. При внесении минеральных удобрений увеличивается урожай и количество послеуборочных остатков, что приводит к увеличению содержания гумуса. Однако очень высокие дозы минеральных удобрений могут приводить к угнетению почвенной биоты, ухудшению физических свойств почв и условий гумусообразования.
Отчуждение с урожаем сельскохозяйственных культур азота, углерода и зольных элементов вызывает некоторый сдвиг равновесного состояния. В связи с этим невольно возникает вопрос возможности достижения равновесного гумусового состояния в пахотных почвах.
Анализ результатов длительных опытов показывает, что гумусовое состояние пахотных почв с постоянной в течение длительного времени (десятки лет) системой земледелия приближается к квази-равновесному. Источником азота для каждого последующего урожая, наряду с послеуборочными остатками, является несимбиотическая фиксация его свободноживущими микроорганизмами и атмосферные осадки.
Степень изменения гумусового состояния пахотных почв зависит от того, насколько сильно изменились условия гумусообразования. Как правило, при освоении целинных почв под пашню происходит снижение содержания гумуса из-за уменьшения количества источников гумуса и усиления минерализации. Наиболее резкое снижение происходит в первые 10-20 лет после распашки. В этот период минерализуются наименее устойчивые группы гумусовых веществ. В дальнейшем устанавливается новый, более низкий, уровень содержания гумуса, соответствующий новым условиям гумусообразования.
При внесении органических удобрений содержание гумуса повышается до уровня соответствующего дозе внесения органических удобрений, при этом соответственно изменяются запасы и состав гумуса. Чем больше вносится органических удобрений, тем более высокий уровень стабилизации содержания и запасов гумуса устанавливается в почве. Таким же образом устанавливаются уровни стабилизации содержания, запасов и качественного состава гумуса при изменении других факторов и условий гумусообразования. Четко различаются уровни стабилизации содержания гумуса в почвах зарубежных длительных опытов; в вариантах 0 — без удобрений, NPK — минеральные удобрения, навоз — органические удобрения.