Постоянной составной частью торфа являются гумусовые вещества. В этом состоит главное принципиальное отличие органического вещества торфа от органического вещества растений-торфообразователей, в которых гумусовые вещества отсутствуют.
Гумусовые вещества по стабильности своего присутствия, а часто и по количеству значительно превосходят другие органические вещества торфа. Механизм превращения растений в торф и образования гумусовых веществ до сих пор до конца не изучен.
Дискуссия о происхождении гумусовых веществ торфа сводится к выявлению исходных химических веществ в растениях-торфообразователях и механизму самого процесса: лигнинная гипотеза Ф. Фишера и Г. Шрадера, лигнино-протеиновая гипотеза С. Ваксмана, гипотеза циклизации углеводов и дегидратации и ароматизации циклов В. Е. Раковского, гипотеза М. М. Кононовой и Т. А. Кухаренко, объясняющих гумусообразование принципом двухфазности — распада сложных химических соединений до мономеров (аминокислоты, фенолы) с последующим окислением и конденсацией продуктов распада.
Конденсационные и полимеризационные гипотезы образования гумуса получили широкое признание. Однако в 80-е годы они были пересмотрены Л. Н. Александровой. Она считает, что ни одна из этих гипотез с точки зрения химической кинетики не может объяснить причин смены процессов разложения сложных органических соединений только до простых мономеров (аминокислоты, фенолы без их дальнейшей минерализации) процессами конденсации или полимеризации.
Реакции конденсации приводят к уменьшению количества карбоксильных групп в образующихся продуктах, тогда как гумусовые вещества всегда содержат значительно больше карбоксильных групп по сравнению с любыми гумусообразователями.
Конденсационная теория не может быть объяснена и с позиций энергетики почвообразования, так как реакции конденсации идут с затратами энергии, а источники этой энергии неизвестны.
Л. Н. Александрова полагает, что гуминовые кислоты образуются не в ходе конденсации и полимеризации мономеров, а в процессе гидролитического расщепления высокомолекулярных продуктов, на протяжении всего периода гумификации.
Хотя гумусообразование в торфяных и минеральных почвах имеет специфические отличия, однако ряд принципиальных положений носит общий характер для всех почв.
Так, например, если лигнин и утратил ту исключительную роль, как пишет К. К. Лебедев, которая отводилась ему в учении Фишера, его значение в процессах превращения растительных остатков в торф несомненна.
Придерживаясь биохимической концепции гумусообразования, исследователь не должен забывать и о физико-химических превращениях органического вещества торфа, идущих в нижней части профиля торфяников.